A Natura 2000 monitoring kiemelt jelentőségű a hazai nemzeti parkok számára. A Natura 2000 élőhelyek és fajok monitoringjára nincs EU-s sztenderd, viszont vannak olyan kérdések, amelyek megválaszolásához különféle monitring programok szükségesek.
A Nemzeti Biodiverzitás Monitoringozó rendszerben számos Natura 2000 faj érintett, de nem az összes.
A következő csoportokkal kezdtünk el foglalkozni: